Mnogi rajčice čim ih donesu iz trgovine ili uberu u vrtu spremaju u hladnjak, vjerujući da će tako dulje ostati svježe. Iako niska temperatura može usporiti propadanje, istodobno može negativno utjecati na njihov okus, miris i teksturu.
Za prepoznatljivu aromu rajčice zaslužni su brojni hlapljivi spojevi. Istraživanja su pokazala da čuvanje zrelih rajčica na temperaturi hladnjaka može smanjiti stvaranje i otpuštanje dijela tih spojeva. Zbog toga rajčica nakon nekoliko dana može imati slabiji miris i djelovati manje ukusno, čak i kada naizgled izgleda potpuno svježe. Dugotrajnije izlaganje hladnoći može pridonijeti i mekšoj ili brašnastoj teksturi.
Cijele i neoštećene rajčice najbolje je čuvati na sobnoj temperaturi, dalje od izravnog sunca i izvora topline. Nezrele rajčice posebno ne treba stavljati u hladnjak jer hladnoća usporava njihovo dozrijevanje i razvoj okusa.
Ipak, to ne znači da hladnjak nikada nije dobar izbor. Ako je rajčica potpuno zrela, vrlo mekana i nećete je pojesti uskoro, kratko čuvanje u hladnjaku može usporiti kvarenje.
Prije jela dobro ju je izvaditi i ostaviti neko vrijeme na sobnoj temperaturi kako bi se dio arome ponovno bolje osjetio. Američko Ministarstvo poljoprivrede preporučuje da se cijele rajčice uglavnom čuvaju na sobnoj temperaturi, dok se prezrele mogu privremeno staviti u hladnjak.
Druga pravila vrijede za već prerezane rajčice. Njih treba pokriti ili staviti u zatvorenu posudu te spremiti u hladnjak najkasnije dva sata nakon rezanja. Tako pohranjene najbolje je potrošiti u roku od nekoliko dana.
